Bermula dari kegelisahan para sesepuh desa Mlaten Mijen Demak, karena banyaknya lulusan Sekolah Menengah dengan kemampuan keagamaan yang semakin hari semakin dangkal, bahkan banyak yang tidak lagi berpegang teguh pada ajaran agama, selain dari itu masyarkat desa Mlaten Mijen memang mendambakan sekolah yang terjangkau baik dari biaya dan lokasi, karena selama ini kebanyakan masyarakat sekolah ke luar desa dengan biaya reatif mahal bagi masyarakat pedesaan dan harus bersusah payah kala itu dengan melewati jalan yang rusak dan tentu harus dengan kendaraan, maka para sesepuh desa Mlaten Mijen yang dikomandani oleh Drs. H. Solichin Ahmad berinisiatif mendirikan sekolah.
Dengan meminta restu dari para kiai dan habaib baik dari dalam kota maupun luar kota Demak, maka segera dilaksanakanlah pendirian sebuah sekolah. Nama sekolah disarankan oleh Habib Luthfi bin Yahya Pekalongan dengan memakai nama “An-Nidhom”, yang bisa jadi ber-tabarruk dengan madrasah Nidhomiyyahnya Syaikh Abdul Qodir Jailani.
Pada ta hun pertama yaitu tahun pelajaran 2003/2004 kegiatan belajar mengajar sudah berlangsung dan untuk sementara dipusatkan di gedung Madin (Madrasah Diniyah) desa Mlaten Mijen karena gedung pembelajaran milik sendiri belum ada. Kemudian dibentuklah Yayasan An-Nidhom untuk memperoleh perizinan pendirian sekolah, maka resmi berdirilah SMA Islam An-Nidhom yang mendapatkan SK Mendiknas Nomor : 503.2/1323 bertanggal 1 Oktober 2003.
Baru pada tahun kedua bangunan gedung sebagai pusat pembelajaran didirikan, tepatnya di atas tanah 6000 m2 yang merupakan tanah wakaf milik Drs. H. Solichin Ahmad, kebetulan berlokasi di dekat Masjid desa Mlaten, dengan harapan anak didik yang nanti belajar di An-Nidhom bisa ikut berjamaah dan meramaikan masjid dengan aneka kegiatan yang bermanfaat. Meskipun pada tahap awal ruang kelas, ruang guru, ketenagaan dan ruang kepala sekolah masih bercampur namun kegiatan pembelajaran tetap berjalan normal. Pada tahun 2006 ditambahlah gedung baru untuk ruang guru, karyawan dan ruang kepala sekolah.
Dengan segala keterbatasan sarana prasarana dan dana, kepala sekolah yang saat itu dijabat oleh Syaikhun, S.Ag. dibantu para guru dan staf di SMA An-Nidhom harus bekerja keras mengajar, mendidik, membimbing anak-anak sehingga berberapa prestasi tingkat kabupaten berhasil diraih anak didiknya.
Diantaranya adalah :
| Tahun Ajaran | Jenis Lomba | Juara | Tingkat |
| 2004/2005 | LCK RAIMUNA | III | Kabupaten |
| 2006/2007 | MTQ Pelajar Putra MTQ Pelajar Putri Lomba PBB SLTA dalam Rangkat HUT RI ke-62 | II III I | Kabupaten Kabupaten Kabupaten |
| 2007/2008 | Lomba gerak jalan HUT RI ke-63 | Kehormatan | Kecamatan |
| 2008/2009 | Pentas Seni Budaya HUT RI ke-64 Kejuaraan Karate 48 Kg Putri Kejuaraan Karate 48 Kg Putri Kejuaraan Karate 48 Kg Putri Kejuaraan Karate 53 Kg Putri Kejuaraan Karate 60 Kg Putra LCC Pramuka Penegak Putra LCC Pramuka Penegak Putri | II I II III IV I I I | Kecamatan Kabupaten Kabupaten Kabupaten Kabupaten Kabupaten Kabupaten Kabupaten |
Meskipun keberhasilan yang diraih siswa masih didominasi bidang ekstrakurikuler, namun tetap merupakan prestasi yang patut diapresiasi, sehingga mampu meningkatkan semangat siswa dan guru-guru. Selain beberapa prestasi tersebut, para alumninya terbukti bisa lolos dalam SNMPTN melanjutkan ke perguruan tinggi dengan beasiswa prestasi dan bidik misi, hal ini menunjukkan kemampuan para siswa tidak kalah dengan sekolah-sekolah lain.Di akhir tahun 2012 jabatan kepala sekolah diamanatkan kepada Izzul Ashofa, S.Pd.I untuk menggantikan kepala sekolah sebelumnya, tentu tidak serta merta tanpa tantangan, karena kepemimpinan di An-Nidhom sempat vakum hampir satu tahun, sehingga dalam pengembangan manajemen penataan administrasi dan kepegawaian sempat mengalami kekacauan, mudah-mudahan pada kepemimpinanya bisa menambah semangat seluruh civitas SMA Islam An-Nidhom sehingga berbenah lagi untuk bangkit berprestasi dan lebih maju. Amiin.
